Sus problemas comenzaron cuando se enfrentó con las empresas ferroviarias extranjeras, que en 1917 pretendieron imponer un aumento tarifario del 22%, al que el Poder Ejecutivo se negó. A su vez, su política de transportes abogaba la eliminación de las concesiones abusivas e intentaba integrar todas las regiones del país buscando la superación del sistema portuario. Con esos fines, dictó medidas de distinto tipo, entre ellas la caducidad de las concesiones con plazo vencido y presionó para la fijación de la cuenta capital de los ferrocarriles particulares, cuya importancia era decisiva sobre las tarifas. Pero el mayor problema se suscitó cuando entre septiembre y octubre de 1917, los dos gremios ferroviarios realizaron una prolongada huelga solicitando un aumento salarial, entre otras cosas. Las empresas argumentaban que el aumento en los costos de explotación sumado al retraimiento del transporte daban como resultado una gran contracción en sus márgenes de ganancia, no pudiendo hacer frente a ello. A todo esto se sumaban las fuertes criticas de la prensa y del público usuario, en contra de las empresas ferroviarias, fundamentalmente porque pretendían fijar ese aumento el 15 de diciembre, coincidiendo con el día inicial de las exportaciones de cereales (las críticas iban más allá de eso, por supuesto). Sin embargo, Yrigoyen tuvo que ceder en octubre de 1917, cuando para poner fin a las tres semanas de huelga general que habían paralizado de la noche a la mañana el comercio de exportación, otorgó en forma provisoria el aumento deseado por las empresas, hasta tanto la DGF hiciera un estudio exhaustivo del asunto. Por su parte los trabajadores lograron su cometido, y a su vez fue reglamentada y reducida la jornada laboral a ocho horas diarias, acarreando esto último un notable aumento en los gastos de explotación de las empresas, las que a mediados del año siguiente, volvieron a solicitar un aumento tarifario, esta vez del 10 %. Como podemos apreciar, el clima entre el gobierno y las compañías no era el más amistoso, creando un enrarecimiento que involucraba además al público y a la prensa. Con el transcurso del tiempo, estas cuestiones se fueron subsanando paulatinamente.

El digitado sucesor de Yrigoyen, Marcelo T. de Alvear, tenía una visión opuesta al nacionalismo económico de Yrigoyen (a pesar de pertenecer al mismo partido) y por eso los británicos previeron un futuro más promisorio. Alvear estimuló la prosperidad entre 1922 y 1928 y alentó la cooperación con las compañías británicas. El amistoso clima político y la situación obrera mejorada, contribuyeron a que los ferrocarriles ingleses se recuperaran de la depresión de posguerra. En contraste con los cinco años anteriores, las compañías obtuvieron un promedio de beneficios del 5% anual entre 1921 y 1928, las mejores entre 7 y 9% desde 1924. Sin embargo no todo fue positivo para las empresas ferroviarias. Durante 1927, diversos grupos comerciales solicitaron una rebaja en la tarifa de los fletes. La DGF, a pedido del gobierno, se encargo de realizar una investigación sobre el estado financiero de las empresas, comprobando que sus ganancias habían aumentado significativamente, sus acciones se cotizaban en alza, y su volumen de tráfico había crecido en forma considerable. Ante esto, Alvear resolvió que las empresas rebajaran sus tarifas al nivel de las cobradas con anterioridad a 1922, sin que ello dañara sus inversiones futuras y su integridad financiera.
Pero las compañías supieron dilatar diestramente la aplicación de esta reducción, esperando mejores perspectivas durante el segundo gobierno de Yrigoyen, quien asumiría el 12 de octubre 1928.

La tensa situación ferroviaria de los años inmediatos a la posguerra ya no existía cuando el caudillo radical volvió al poder en 1928, pues en realidad los ferrocarriles y el gobierno habían resuelto sus principales diferencias y la hostilidad pública se había apaciguado. El cambio de actitud de Yrigoyen hacia ellos, en cierta forma se fundaba en rumores sobre la compra por parte de capitales norteamericanos para con los ferrocarriles ingleses, temiendo por los primeros y apoyando claramente a los segundos, siempre que éstos acompañaran el desarrollo del país. El presidente electo mantenía buenas relaciones con ellas, sobre todo con el Ferrocarril Central Argentino cuyo principal apoderado, Anastasio Iturbe se había contado en las filas de la UCR desde las primeras horas. Pero a pesar de todo, entre 1929 y 1930 se suscitaron nuevos conflictos entre los gremios y las empresas, que en cierta forma condicionaron el futuro.
En resumen, Hipólito Yrigoyen representó un frente de clases con la presencia de peones, artesanos, pequeños industriales y ganaderos, militares y grupos médicos, señalando el ascenso político de los sectores intermedios, y fue el primer intento, aún con titubeos, de limitar el poder de la oligarquía. Su primer gobierno practicó un nacionalismo de corte popular y democrático, pero las contradicciones no resueltas dentro de su propio partido, en donde gravitaba el cuño oligárquico representado por el "Alvearismo" y el hostigamiento de los conservadores del "nacionalismo" oligárquico y aún de las propias fuerzas de izquierda que no comprendían ese "nacionalismo popular" llevó a que cuando asumiera la segunda presidencia en 1928, sus días estuvieran contados. El golpe militar protagonizado por el General José Félix Uriburu el 6 de septiembre de 1930, representó por primera vez la intervención directa de las Fuerzas Armadas en el escenario nacional, interrumpiendo un gobierno surgido de la voluntad popular.
La depresión económica mundial, originada a fines de 1929, y más tarde la inclinación por parte del gobierno de Agustín P. Justo (1932-1938) hacia la creación de un vasto plan para la construcción de carreteras para el transporte automotor (el 30 de septiembre de 1932 se sancionó la Ley 11658 creando la Dirección Nacional de Vialidad) crearon un clima duro de sostener para las compañías ferroviarias británicas, y como en todas partes del mundo, no pudieron detener el progreso del automóvil.
Esta breve síntesis política nos ayudará a entender un poco, por qué a partir de principios de la década del veinte, las compañías ferroviarias británicas y en particular el Ferrocarril Central Argentino, vivieron sus últimos años de gloria.